2011-06-01から1ヶ月間の記事一覧

Rコーディング環境をEclipse(v3.7,Indigo)上に構築した

WalWare - HomepageでStatETのEclipse用プラグインが 提供されているので、まずこれをインストールする For Eclipse 3.7: http://download.walware.de/eclipse-3.7 ヘルプ->新規ソフトウェアのインストールを選択 作業対象に http://download.walware.de/ecl…

エネルギー単位変換をしてくれるサービス

http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html 役立つわー。こういう豆ツール的なものを自前で作りつつWeb系への足がかりとしたいです。

第一原理計算入門 教育指導論

教育方法の一例 近角聡信 著、『銅鉄主義-研究テーマの選び方-』、固体物理、38 (2003) 65. この題目は、昔、固体物理の研究が始まった頃に流行った言葉で、「銅について研究したことを、鉄についてもう一度繰り返す」ことを意味している。今日では銅と鉄と…

行番号を付けてファイルの内容を表示する

@IT:行番号を付けてファイルの内容を表示するには http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/541usenl.html 行番号付きでファイルの内容を表示したいときは、nlコマンドを使う。オプションなしでnlコマンドを実行すると、以下のような形式で出力…

VMD上で原子の種類を変える

vmd

1 1 0.286718 0.00023457 0.153383 2 1 0.0712552 0.0400444 0.175123 3 1 0.215877 0.0425108 0.173506 4 2 0.35904 0.0415748 0.174091 5 2 0.0712552 0.126622 0.15221 6 2 0.215877 0.124156 0.153826 7 2 0.35904 0.125092 0.153241 上のような [インデ…

lammpsで計算したMDアニメーションをVMDで表示する

dumpで指定した出力ファイルがVMDで読み込める。 が読み込み時オプション若しくは拡張子の変更が必要。 dump.filenameを読み込みたい場合、以下のようにする vmd -lammpstrj dump.filename もしくはdump.filenameに.lammpstrjを付け加えて、 vmd dump.filena…

エネルギー最小化with reaxFF

何もかも手探りで面白い。lammps配布サイトにあるドキュメントを読みながら一つ一つ理解していこう。まずはエネルギー最小化ができたのでメモ。これが正解かどうかは保証しない。 # minimize graphene # ..... units real #単位系を実単位系にatom_style cha…