measureコマンドを使う。 例 measure minmax [atomselect top "all"] measureコマンド解説: measure http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node135.html

lammpsで出力される.dump ファイルをVMDに食わせると、VMDはlammpsで指定した原子種別番号をそのままtype,Name変数に格納する。この状態では、VMDは原子の種類を正しく認識してないので、おかしな色でモデルを描画するということになる。なので、VMD Tk cons…

1 1 0.286718 0.00023457 0.153383 2 1 0.0712552 0.0400444 0.175123 3 1 0.215877 0.0425108 0.173506 4 2 0.35904 0.0415748 0.174091 5 2 0.0712552 0.126622 0.15221 6 2 0.215877 0.124156 0.153826 7 2 0.35904 0.125092 0.153241 上のような [インデ…

dumpで指定した出力ファイルがVMDで読み込める。 が読み込み時オプション若しくは拡張子の変更が必要。 dump.filenameを読み込みたい場合、以下のようにする vmd -lammpstrj dump.filename もしくはdump.filenameに.lammpstrjを付け加えて、 vmd dump.filena…