＠IT：行番号を付けてファイルの内容を表示するには http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/541usenl.html 行番号付きでファイルの内容を表示したいときは、nlコマンドを使う。オプションなしでnlコマンドを実行すると、以下のような形式で出力…

1 1 0.286718 0.00023457 0.153383 2 1 0.0712552 0.0400444 0.175123 3 1 0.215877 0.0425108 0.173506 4 2 0.35904 0.0415748 0.174091 5 2 0.0712552 0.126622 0.15221 6 2 0.215877 0.124156 0.153826 7 2 0.35904 0.125092 0.153241 上のような [インデ…

dumpで指定した出力ファイルがVMDで読み込める。 が読み込み時オプション若しくは拡張子の変更が必要。 dump.filenameを読み込みたい場合、以下のようにする vmd -lammpstrj dump.filename もしくはdump.filenameに.lammpstrjを付け加えて、 vmd dump.filena…

何もかも手探りで面白い。lammps配布サイトにあるドキュメントを読みながら一つ一つ理解していこう。まずはエネルギー最小化ができたのでメモ。これが正解かどうかは保証しない。 # minimize graphene # ..... units real #単位系を実単位系にatom_style cha…