肥大化したlammpstrjをダイエットさせるためのawkスクリプト． compresslmptrj.awk 下みたいなシェルスクリプトを書いて動かす． compresslmptrj.sh 実行例 ./compresslmptrj.sh hogehoge.lammpstrj 100 # skip 100frame

lammpsで出力される.dump ファイルをVMDに食わせると、VMDはlammpsで指定した原子種別番号をそのままtype,Name変数に格納する。この状態では、VMDは原子の種類を正しく認識してないので、おかしな色でモデルを描画するということになる。なので、VMD Tk cons…

dumpで指定した出力ファイルがVMDで読み込める。 が読み込み時オプション若しくは拡張子の変更が必要。 dump.filenameを読み込みたい場合、以下のようにする vmd -lammpstrj dump.filename もしくはdump.filenameに.lammpstrjを付け加えて、 vmd dump.filena…

何もかも手探りで面白い。lammps配布サイトにあるドキュメントを読みながら一つ一つ理解していこう。まずはエネルギー最小化ができたのでメモ。これが正解かどうかは保証しない。 # minimize graphene # ..... units real #単位系を実単位系にatom_style cha…