2012-01-01から1年間の記事一覧

Job IDを指定してジョブの作業ディレクトリを開くコマンド

これまたバッチシステムtorqueのニッチなネタ. 一ヶ月以上回り続けているジョブなんかは一体どのディレクトリで作業していたかすら忘れているもんです. そんなとき,qstatで確認できるJob IDをキーにして,ジョブのある作業ディレクトリ($PBS_O_WORKDIR)に…

lammpstrjを指定コマ数だけ飛ばすawkスクリプト

肥大化したlammpstrjをダイエットさせるためのawkスクリプト. compresslmptrj.awk 下みたいなシェルスクリプトを書いて動かす. compresslmptrj.sh 実行例 ./compresslmptrj.sh hogehoge.lammpstrj 100 # skip 100frame

長いJobnameのジョブを一覧表示するawkスクリプト

現在投入されているジョブ一覧を表示してくれるqstatというコマンドがあるが-aオプションを使ってもJobnameを最長15文字しか表示してくれない.15文字を超えるような名を持つ化学構造の計算を,ちょっとずつ条件を変えてジョブに大量投入なんてやった日には…