VMD上で原子の種類を変える

1 1 0.286718 0.00023457 0.153383
2 1 0.0712552 0.0400444 0.175123
3 1 0.215877 0.0425108 0.173506
4 2 0.35904 0.0415748 0.174091
5 2 0.0712552 0.126622 0.15221
6 2 0.215877 0.124156 0.153826
7 2 0.35904 0.125092 0.153241

上のような

[インデックス][原子の種類][x座標][y座標][z座標]

の形式を取るファイルをVMDで読み込んだとする。
表示される原子の種類を変更したい場合、VMDのコンソール上で

vmd > set t1 [atomselect top {type 1}]
vmd > $t1 set name H

と入力すると、種類が1の原子を水素に割り当てることができます。よかったですね。

2011/07/07追記：
VMD上で原子の色とスケールを調整する - ufssfs http://d.hatena.ne.jp/ufssf/20110707/1310001420